학부정원조정 BK21과 관련해 앞으로 대학가에 가장 큰 논란거리는 학부정원조정부분. 교육부의 사업시행안에 따르면 과학기술분야 사업자로 선정된 대학은 2002년 입학년도까지 입학정원을 대학원생수 대비 학사과정 학생수가 1대 1이 되도록 감축하고 대학원생 정원에 다른 대학 출신자를 50%이상 채우도록 되어 있다.
문제는 물리나 화학 등이 자연과학 부라는 하나의 학부과정으로 되어 있고 여기서 물리분야는 사업단으로 선정되고 화학은 사 업단에 빠졌을 경우에 발생한다. 즉 학교당국은 자연과학부라는 단위에서 인원을 감축할 수 밖에 없고 이는 결국 물리와 화학 전공 교수간의 의견마찰이 있을 수 밖에 없기 때문이다. 과학기술분야의 사업자로 선정될 주관대학 뿐만 아니라 참여대학에서도 똑같은 현상이 나타 날 수 있는 것이다.

입학정원 감축과 관련된 또 다른 문제는 정원 감축비율이 너무 획일적이라는 것이다. 즉 사회적인 수요와 공급이 무시됐다는 것. 장수영 포항공대 교수는 지난 1일 국회교육위 'BK21 에 관한 공청회'에서 "화학, 토목, 컴퓨터, 환경 등 17개 응용과학분야 중에서 전기전자공학과 기계공학은 일본에 비해 졸업생 수가 적으나 다른 분야는 인구가 한국보다 6배나 많은 미국에 비해 졸업생을 많이 배출하는 경우도 있다"며 교육부의 획일적인 감축안이 불합리하 다는 주장을 펴기도 했다.

사업단 구성 학과(부) 중심으로 사업단이 구성되는 것도 앞으로의 논쟁거리 중 하나다. 즉 과학기술, 특화 분야 모두 1∼2개 대학의 학과(부) 중심으로만 사업단을 구성하도록 규정 하면서 규모가 크고 명성있는 대학 '소속교수'라는 이유하나만으로 대학원중심대학 혹은 전 문인력양성 사업단에 '무임승차'할 수 있기 때문. '두뇌' 있는 교수로 인정받는다는 것을 의미한다. 그러나, 반대로 지역의 작은 대학에서 연구실적이 우수한 교수들은 실력이 있다고 하더라도 사업단에 들어갈 수 있는 기회조차 주어지는 않는 맹점을 안고 있다.

권욱현 서울대 교수는 BK21이 내포하고 있는 이런 문제점에 대해 "대학원중심대학의 경우 교수들의 인사, 승진 제도를 선진국과 같이 대폭 강화하고 계약교수제등을 도입, 교수들의 이동을 원활히 하는 것이 보완 방안의 하나가 될 수 있을 것"이라고 말했다.

산업체 대응자금 사업단에 선정되는 대학이 직면하는 난제는 또 포괄적인 의미의 '산학 협동'. 여기에는 과학기술, 특화분야의 △산학협동위원회 △산업체의 대응자금 △기업체와 공동연구과제 선정문제 등이 포함된다. 실제 각 대학들이 사업단을 구성할 때 가장 골머리 를 앓은 부분은 대학간의 합종연횡 즉 컨소시엄 구성문제가 아니라 교육부 시행안이 요구하는 산업체 대응자금을 어떻게 끌어 오는가 하는 부분이었다고 한다.
즉 과학기술 10여 개, 특화 7∼8개 분야에서 각 사업단은 기업체와 상호협약을 체결해야 하는데 분야별로 내 로라하는 기업은 한정돼 있기 때문에 이것이 쉽지 않았던 것. 과학기술분야는 7개년 평균 총사업비의 25%이상을, 특화분야는 대학·산업체 대응자금을 100%라고 할 때 산업체 대응 자금이 30%이상이 되어야 한다고 규정하고 있다.

결국 BK21 사업단에 대한 지원금은 주로 대학원생과 Post Doc의 인건비로 쓰이고 연구비는 별도로 다른 기관에서 받아와야 한다는 것이다. 따라서 참여교수들은 엄청난 부담을 안 게 된다. 장수영 포항공대 교수는 "일부의 연구비를 외부에서 받아오게 하는 것은 바람직하 나 현재의 방침은 재고되어야 한다"고 주장했다.