당초 교육부는 서울대 종합감사 일정을 지난 5월24일에서 6월5일까지로 잡았으나 서울대측이 '두 뇌한국(BK) 21' 사업 지원 준비를 위해 연기를 요청, 이번에 실시하게 된 것이다.

교육부는 이번 서울대 종합감사 결과 각종 비리가 적발될 경우 신분상, 행·재정상 조치를 내릴 계획이다. 그러나 교육부는 이번 감사결과를 BK 21 사업과 연계시키지는 않을 방침이다.

교육부 감사실의 한 관계자는 "국립대에 대해서는 5∼6년 단위로 종합감사를 하기로 돼 있으나 감사실의 인력부족 등으로 그동안 실시하지 못했던 것"이라며 "따라서 이번 종합감사는 감사실의 통상적인 업무일 뿐이며 BK 21 사업과는 전혀 무관하다"고 말했다.

힌편 서울대는 이번 교육부 종합감사를 계획된 일정대로 받겠다는 입장이다. 서울대 예산담당관 실의 한 관계자는 "감사일정이 방학중에 잡혀 있으므로 수검에 큰 무리가 없을 것으로 보인다"며 "모든 대학이 다 받는 감사인 만큼 서울대라고 예외일 수는 없을 것"이라고 말했다.