가장 큰 논란거리는 BK 21 사업의 핵심인 대학원 육성사업(과학기술분야)의 전 분야를 서 울대가 독식하는 등 대학 편중이 극명하게 드러났다는 점.

서울대는 이번 사업에 투여되는 연간 예산 2천억원 중 대학원 전용시설 구축 사업비 5백억 원을 포함 총 9백50억여원을 지원 받게돼 다른 대학들의 반감을 사고 있다. 특히 연세대, 고려대, 한국과기원(KAIST) 등은 최근 이번 심사의 공정성과 객관성에 문제를 제기하며 재심 사를 요구하고 나서 사업 시행에 난항이 예고되고 있다.

'민교협'과 '사교련' 등 교수단체들도 성명을 내고 "서울대의 BK 21 사업 독점은 전국 대학 의 80%를 차지하는 사립대의 발전에 치명적 해악을 미치게 된다"며 "이는 결국 서울대 중심의 대학 서열화를 더욱 고착화시키는 결과만을 낳게 될 것"이라고 주장했다.

선정된 대학들간의 예산 배분 문제도 앞으로의 사업 진행 과정에 큰 장애가 될 것으로 보인 다.

특히 지역대학 육성사업의 경우 지역별 1개 사업단을 선정키로 했던 당초 방침과는 달리 부산, 대구·경북, 대전·충남, 울산·경남 등 4개 지역은 각각 2개 사업단이 선정돼 선정대학 들조차 불만을 표시하고 있다. 이들 지역에서는 장차 예산 배분 과정에서 사업단 간의 마찰 이 불가피할 것으로 보이기 때문.

충남대 기획실의 한 관계자는 "지역에 배정된 예산 75억원을 염두에 두고 사업계획을 작성해 응모했는데 2개 사업단이 선정되는 바람에 전면 재조정이 불가피하게 됐다"며 "일부 교 수들은 사업참여 거부를 주장하는 등 격앙된 분위기"라고 말했다.

이밖에 이번 공모에 선정된 대학들이 수행해야 할 학부정원 감축 문제도 벌써부터 골치거리 로 대두되고 있다.

과학기술분야에 선정된 서울대, 고려대 등은 오는 2002년부터 해당 학부정원을 30%, 특화사 업에 선정된 서강대, 중앙대 등은 15% 감축해야 한다. 그러나 모집단위가 광역화된 상황이 라 선정된 학문분야의 학부정원만을 줄이는데 어려움이 클 것으로 보인다.

연세대의 박대현 교수(수학)는 "이번 선정결과에 따라 물리학 학부정원을 줄여야 하는데 정 작 학부생 모집단위는 물리학이나 다른 이공계열 학문간에 차이가 없어 정원조정에 혼란이예상된다"고 말했다.

한편 이번 BK 21 사업 선정 결과를 놓고 국회 여·야간에 이견이 노정돼 내년도 예산책정 과정에 불안한 그림자를 드리우고 있다. 특히 야당인 한나라당은 BK 21 사업에 대한 반대를 당론으로 해 공론화 할 움직임을 보이고 있어 자칫 내년 예산 2척억원이 국회를 통과하지 못해 BK 21 사업이 출항 1년만에 좌초되는 불운을 맞이할 가능성마저 점쳐지고 있다.