대학전문연구요원제도는 지난 91년 특혜 논란으로 문제가 됐던 석사장교제도가 폐지되면서 도입된 것으로 석사학위 이상 소지자가 +일정시험을 통과하면 5년간 의무적으로 대학연구소 등에 복무, 군복무를 대신하는 것이다.

그러나 대학전문연구요원들은 출근부에 사인을 하지 않거나 출근조차 +하지 않는 등 문제가 심각한 것으로 밝혀졌다. 특히 '시간강사'로 출강하는 요원도 있는 실정이다.

국회 교육위원회 소속 배종무 의원(국민회의)에 따르면 지난 8월말 현재전국대학 연구소 및 대학원에 복무 중인 대학전문연구요원은 34개 대학 1천9백여명에 이른다. 이중 서울대, 경북대, 건국대 등 18개 대학에서 무려 2백여명의 대학전문연구요원이 대학강사로 출강했다. 이들은 주당 3~12시간을 출강했던 것으로 밝혀졌다.

배의원은 "일부 대학의 경우 뻔히 불법인줄 알면서도 시간강사 대신 대학전문연구요원을 강사로 썼다"며 "병무청마저 인력부족 등의 이유를 들어 제대로 관리조차 하지 않았다"고 주장했다.

한편 최근 병무청은 대학 전임강사로 근무하던 2명의 +대학전문연구요원을 병역법에 따라 현역 입영시키는 등 뒤늦게 시정 작업에 나섰다. 병무청의 한 관계자는 "대부분의 대학전문연구요원은 연구활동에 전념하고 있는 것으로 안다"며 "문제 대학에 대해서는 실사를 통해 별도의 지침을 하달하는 등 관리상의 문제점을 보완해 나갈 것"이라고 밝혔다.