최근 서일 등 중견 회계법인 두 곳이 힘을 모아 전문화, 대형화, 조직화된 서현컨설팅그룹으로 재탄생했다. 이들은 기존의 4대 회계법인 체계를 5대 회계법인 시대로 견인할 것을 천명했다. 새로운 지평을 열어갈 서현컨설팅그룹을 소개하고 그간의 사례들을 통해 학교법인과 학교법인 부속병원의 세무·회계 분야 이슈에 어떤 것들이 있는지 3회에 걸쳐 들여다본다. <편집자 주>

[정리=한국대학신문 황정일 기자, 도움말=최원일 서현회계법인 회계사] 학교법인의 회계는 법인이 설치 및 경영하는 학교에 속하는 회계(학교회계)와 법인의 업무에 속하는 회계(법인회계)로 구분한다. 학교에 속하는 회계는 다시 교비회계와 부속병원회계(부속병원이 있는 경우)로 구분할 수 있고, 법인회계는 일반업무회계와 수익사업회계로 구분한다.

■ 고유목적사업준비금의 설정과 사용 = 비영리내국법인은 법인세법 제29조 제1항 제4조에 따라 수익사업소득금액의 50% 혹은 80%를 고유목적사업준비금에 손금산입 할 수 있다. 그러나 학교법인은 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호에 따라 100%를 손금산입 할 수 있다.

고유목적사업준비금은 5년 이내에 고유목적사업에 사용해야 한다. 이때 조세특례제한법의 규정을 적용받는 학교법인의 경우에는 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입할 때 이를 비영리사업에 지출한 것으로 본다.

비영리법인이 고유목적사업준비금을 해당 사업에 사용하는 경우 적정한 사용으로 보고 있으나 법인세법 시행령 2조 1항에 따른 수익사업에 사용하는 경우에는 적정하게 사용한 것으로 보지 않는다. 비영리법인인 의료법인이 영위하는 의료사업은 목적사업임과 동시에 법인세법상 수익사업에 해당된다. 의료업의 운영비용으로 사용하게 되면 본래의 목적사업을 수행함에도 불구하고 수익사업 운영비용에 해당되기 때문에 고유목적사업준비금의 적법한 사용에 해당되지 않는 모순이 발생하게 된다.

상기 문제점을 해결하기 위해 의료법인이 병원건물이나 토지, 의료기기, 보건의료정보의 관리를 위한 정보시스템설비 등을 취득하는 경우 법인세법상 원칙적으로 수익사업을 위한 고정자산 취득에 해당돼 고유목적사업준비금의 적법한 사용이 될 수 없다. 예외적으로 의료발전회계로 구분경리를 하면 고유목적사업준비금의 적법한 사용으로 보고 있다.

■ 학교법인 일반회계와 병원회계의 기준이 달라 ‘혼선’ = 고유목적사업준비금 상당액을 부속병원회계에서 학교법인 일반업무회계로 전입했다가 다시 병원에 출연해 사용하는 경우 고유목적사업준비금의 적정한 사용으로 볼 수 있는지가 주요 쟁점사항이다. 학교법인이 고유목적사업준비금을 일반업무회계로 전입했다가 다시 병원에 출연해 병원건물, 의료장비 등을 취득하는 데 사용하면서 의료발전회계를 하지 않는 경우 감가상각비를 적정한 것으로 보고 손금인정을 해야 하는지도 논쟁의 소지가 있다.

참고로 비영리법인이 고유목적사업 비설정액으로 유형자산을 취득하는 경우 취득한 유형자산에 대해 감가상각비를 계상하게 되는데, 해당 유형자산의 취득금액은 고유목적사업비로 손금산입 된 금액이므로, 동 유형자산에 대해 다시 감가상각비를 손금산입 하는 경우 손금을 이중으로 계상하는 것이 된다.

의료법인은 의료발전회계 적용으로 의료발전준비금을 손금산입 하게 되면 해당 감가상각비 계상 시 의료발전준비금을 환입(익금)해 손익을 상쇄시킨다. 그런데 학교법인은 의료발전준비금을 설정하지 않게 되면 의료발전회계를 적용한 경우와 비교해 감가상각비 금액만큼 손금을 과다 계상하는 효과가 발생한다.

■ 고유목적사업준비금으로 병원용 토지·건물·의료장비 등 구입하면 적법 = 병원회계에서 고유목적사업준비금을 설정해 소득금액을 손금산입 하고, 비영리회계인 학교법인 일반회계에 전입하면서 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 한 후 다시 해당 금액을 병원에 출연해 사용하는 경우, 과세관청이 당해 전출 행위가 명목뿐인 것으로 판단해 전출은 없는 것으로 볼 가능성이 있다.

일반적으로 수익사업에서 발생한 소득을 단순히 고유목적사업회계로 전출하는 금액은 고유목적사업을 위해 지출한 금액으로 보지 않는다. 그러나 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 사립학교법인은 일반 비영리법인과 달리 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계로 전입한 경우 전입시점에 이를 비영리사업에 지출한 것으로 본다.

따라서 사립학교법인이 부속병원회계에서 발생한 소득을 비영리사업회계로 전출, 교육사업에 사용하는 경우 전출시점에 교육사업에 사용한 것으로 보고 있으나(재법인46012-90),  당해 전출 행위가 명목뿐인 경우는 전출이 없는 것으로 본다고 유권해석한 바 있다.(법인46012-4050)

한편 과세관청은 사립학교법에 의과대학의 부속병원은 학교교육에 직접 사용되는 재산으로 규정돼있기 때문에 학교법인의 정관에 부속병원이 교육용 기본재산으로 구분·등록돼 있다면, 그 부속병원을 설치·운영하는 것은 교육사업에 해당하는 것으로 유권해석하고 있다.(감심-2000-0232).

또 학교법인이 법인세법시행령 제56조 제6항 및 제9항의 규정에 의해 부속병원에 속하는 고정자산을 취득하기 위해 지출하는 금액은 수익사업소득에 대해 손금산입 된 고유목적사업준비금에서 지출하는 것으로 보고 있다.(서이46012-11600).

따라서 학교법인이 병원회계에서 학교법인 일반회계로 전입한 금액을 다시 병원에 출연해 사용한 경우 적어도 병원용 토지, 건물, 의료장비구입에 사용했다면 고유목적사업준비금 전출행위가 명목뿐이라고 판단하기는 어렵다.

■ 학교법인 부속병원 소득금액 증가 시 고유목적사업준비금 경정청구 허용해야 = 과세관청에서는 고유목적사업준비금으로 설정했던 금액을 다시 병원에 출연해 병원기기 등 유형자산을 취득하면서 의료발전회계를 적용하지 않은 경우 감가상각비는 두 번 손금계상 되는 효과가 있어 손금으로 인정하지 않겠다는 입장이다.

의료법인의 경우 고유목적사업준비금을 의료발전준비금으로 대체한 후 의료발전회계를 하기 때문에 감가상각비와 의료발전준비금 환입금액이 상쇄되는 효과가 발생한다. 따라서 학교법인 부속병원이 의료발전회계를 적용하지 않는다면 의료법인과 세무상 수익사업 손익에 차이가 발생하게 된다.

그러나 법인세법상 의료발전회계에 따라 의료발전준비금의 환입으로 익금에 산입한 금액은 다시 고유목적사업준비금으로 손금산입 할 수 있도록 하고 있다. 소득금액의 100%를 고유목적사업준비금으로 손금산입 할 수 있는 학교법인의 경우 처리방법에 차이가 있을 뿐 해당 의료발전준비금 환입액에 대해 고유목적사업준비금을 설정하면 결과적으로 손금산입 금액에 차이가 발생하지 않는다.

고유목적사업준비금을 결산에 반영하지 않으면 세무조사 등으로 손금불산입금이 발생, 소득금액이 증가하는 경우 고유목적사업준비금설정에 대한 경정청구가 인정되지 않는다. 학교법인들은 고유목적사업준비금을 한도금액 이상으로 설정한 후 세무상 한도초과 금액이 나오도록 함으로써 상기 감가상각비 등이 세무상 손금으로 인정받지 못하여 소득금액이 증가하는 경우 고유목적사업준비금 설정한도액도 함께 증가할 수 있도록 해 과세표준이 발생하지 않도록 하고 있다.

학교법인의 경우 수익사업 및 학교의 부속 교사시설인 병원에서 발생하는 수익금액에 100% 고유목적사업준비금을 설정해 법인세를 면제하려는 법의 취지를 고려할 때 세무조사 혹은 수정신고로 소득금액이 증가하는 경우 고유목적사업준비금의 경정청구를 허용하는 것이 합리적일 것이다.

또 학교법인 부속병원의 경우 교육용 교사시설에 해당하므로 법에 따라 고유목적사업준비금이 병원회계에서 비영리부분으로 전입되는 때에 고유목적사업준비금의 사용으로 인정해야 한다. 병원에 출연해 병원시설 등의 구입목적으로 사용하는 경우 교육사업에 적정하게 사용한 것으로 보아 감가상각비를 인정하는 것도 고려할 필요가 있다.