개신교, 천주교, 불교, 원불교 등 각 종단의 진보적 단체들의 모임인 '민족의 화해와 통일을 위한 종교인협의회'(이하 종교인협의회)가 사립학교법 재개정 합의에 반대를 표명했다. 

이들은 27일 기자회견을 갖고, "열린우리당과 한나라당의 사립학교법 재개정 추진을 적극 반대하며 양당은 사립학교법 재개정 추진을 즉각 중단할 것을 강력히 요구한다"고 발혔다.

종교인협의회는 "정치권의 사학법 재개정 추진이 재개정을 찬성하는 일부 종교계와 사학 경영자들, 그리고 재개정에 반대하는 종교계와 교육계 인사들 간의 충분한 논의 없이 정치권의 이해관계에 따르 일방적으로 야합한 산물"이라고 비판했다.

이들은 "양 당이 합의한 대로 재개정이 될 경우, 사립학교법은 사실상 개정 이전으로 되돌아가고, 일부 내용은 개정 이전의 사학법보다 후퇴한 개악"이라고 규정하고, 양 당의 재개정 야합을 중단해야 한다고 촉구했다.