그러나 현재 진행중인 BK21사업은 신청자격을 최소 교수 20인 이상인 학과를 단위로 제한 하고 해당학과의 모든 교수를 참여하도록 요구함으로써 지금까지 교육부가 추진한 대학 및 전공의 특성화 정책에 역행하고 있다. 예를 들어, 한 대학의 물리학과 모든 전공을 다 세계 적인 경쟁력을 갖추게 할 수는 없을 것이다. 그러므로 물리학 중에서 어느분야만을 집중적 으로 연구하여 발전시키는 것이 필요하다. 이런 맥락에서 BK21은 우선 신청주체를 학과단 위보다도 전공단위로 유도하는 것이 바람직하다.

BK21은 크게 3분야로 나눠 신청하게 되어있다. 50명 이상의 교수들이 신청단위가 되는 선 도분야, 20인 이상이 신청단위가 되는 기반 분야, 3∼4명이 단위가 되는 핵심분야로 구분된 다. 선도분야나 기반분야에 신청하는 교수들은 동시에 핵심분야나학술진흥재단의 학술사업에 중복적으로 참여할 수 없도록 못 박고 있다.

교육부의 사업안이 이런식으로 확정되면서 교수들은 우선 신청자격을 갖추기 위해 연구 목 적으로 신청단위(교수 수)를 결성하는 것이 아니라 연구비 수주를목적으로 한 인위적 신청 단위를 결성하고 있다. 이는 두뇌한국을 만들겠다는 교육부의 원 취지가 아닌 특성 없는 또다른 연구사업의 연장이 될 수 밖에 없는 한계를 내포하고 있다.

BK21공고안이 가지는 두 번째 문제는 선도분야나 기반 분야 경쟁에서 탈락한 교수들은 연구비 확보 기회가 차단됨으로써 현재 진행하는 연구마저 중단해야 할지도 모른다는 것이다. 선도분야나 기반분야에서 선정되지 못 한 교수들 대부분은 사실상 한국 대학의 연구를 주도해 온 교수들이며 국가의 연구력과 국제 경쟁력을 갖추도록 한 주역이다. 그런데 이 교수들 이 다른 연구비를 신청조차 할 수 없다면 그들의 연구는 중단될 것이고 그로 인한 국가의 과학 경쟁력은 약화될 것이 뻔하다.

세 번째로 지적되는 부분은 소단위 핵심분야의 신청도 한 학과의 교수 수에 따라 신청 팀 수를 제한함으로서 경쟁력 있는 교수들은 누구나 다 신청할 할 수 있는 것이 아니라 되도록 많은 대학에게 연구비를 안배하려는 듯한 인상이 짙다는 것이다. 즉 경쟁력을 가진 교수들은 신청 기회조차 가질 수 없는 문제가 야기된다.

마지막으로 BK21은 대학간의 연합을 허용하고 있는데 이것은 사실상 무의미하다는 것을 지적하고 싶다. 왜냐하면 연합하여 신청해서 선정이 되었다 해도 실제로 각대학은 공간적으 로 연합할 수 없기 때문에 각자의 대학에서 독립적으로 교육과 연구를 수행할 수 밖에 없을 것이다.

따라서 교육부는 위에서 살펴본 문제들을 깊이 성찰하여 제도적 보완을 거친 후 이 사업을 진행함으로서 사업의 효율성을 높이고 더 나아가 국가의 과학 경쟁력을 신장시키는 계기로 삼아야 할 것이다.