경영상의 이유로 대학은 특정학과를 폐지해야 하는 문제에 직면할 때가 있다. 이에 관해 사립학교법 제56조 제1항은 “사립학교 교원은 형의 선고·징계처분 또는 이 법에 정하는 사유에 의하지 아니하고는 본인의 의사에 반해 휴직 또는 면직 등 불리한 처분을 받지 아니한다. 다만 학급·학과의 개폐에 의해 폐직이나 과원이 된 때에는 그러하지 아니하다”라고 규정해 학과 폐과에 의한 교원의 면직처분의 가능성을 허용하고 있다.

그렇다면 학과 폐과를 하면 모든 경우에 교원의 면직처분이 가능한가. 법문상 학과 폐과가 정당한 경우에만 가능함을 알려주고 있다. 해당 단서가 규정한 폐과의 의미에 대해 법원은 ‘학급·학과의 개폐에 의 폐직이나 과원이 된 때’는 ‘적법한 학칙 개정절차’를 통해 설치학급 내지 학과가 폐지되거나 편제가 축소되는 등으로 인해 소속 교원의 직위나 정원이 없어지게 된 경우를 뜻한다고( 대법원 2010. 6. 24. 선고 2010두5103 판결 등 참조) 밝히고 있다.

여기에 부연해 법원은 ‘학과의 폐지’가 절차상 학생의 학습권을 실질적으로 침해하지 않아야 하므로 사립학교 법인은 학과의 폐지 이전에 폐지 대상 학과에 학적을 두고 있는 재학생 및 휴학생을 포함한 모든 재적생에 대해 전과 등의 적절한 조치를 취해 재적생이 존재하지 아니하게 된 경우에 비로소 학과를 폐지할 수 있다고 보고 있다. 따라서 휴학생과 재학생 등이 재학 중인 기간까지는 폐과가 불허된다. 결국 법률상으로 들여다보면 학과 폐지로 인해 발생하는 불이익은 고스란히 교원과 학생들에게 돌아온다는 결론이 나온다.

또한 법원은 대학이 학급·학과를 폐지하고 그에 따라 폐직(폐직)·과원(과원)이 되었음을 이유로 교원을 직권면직할 경우에, 학교법인 산하 다른 사립학교나 해당 학교의 다른 학과 등으로 교원을 전직발령이나 배치전환 등을 한다. 이로써 면직을 회피하거나 면직대상자를 최소화할 여지가 있으면 국가공무원법 제70조 제3항, 지방공무원법 제62조 제3항을 유추해 △임용형태 △업무실적 △직무수행능력 △징계처분사실 등을 고려한 면직기준을 정하고 그 기준에 의한 심사결과에 따라 면직 여부를 결정해야 한다.

그러나 대학 사정상 전직발령이나 배치전환 등에 의한 교원의 면직회피 가능성이 전혀 없으면 그와 같은 심사절차를 밟지 않고 바로 직권면직을 할 수 있다. 만약 전자과학과가 폐지되고 인접학과도 연쇄적으로 폐지된 후 더 이상 인접학과가 없어서 전환배치가 불가능해 해당 교원에게 직권면직사유가 발생한 것으로 본다(대법원 2017. 2. 15 선고 2016두52545 판결). 

그렇다면 학습권을 침해당한 학생들의 입장에는 어떻게 명시하고 있을까. 교원에 대한 직권면직의 전제로서 사립학교법 제56조 제1항 단서 및 피고의 정관 제86조 제1항 단서에서 규정한 학과의 폐지(폐과)는 적법한 학칙개정 절차를 통해 입학 정원뿐만 아니라 학과 정원이 영(0)이 되어 재적생이 존재하지 아니하게 된 때를 의미한다고 보아 휴학생과 재학생들이 졸업할 때까지는 학과를 유지하도록 학습권을 보장하도록 하고 있다. 또는 학생들에게 유사학과의 전과를 유도하는 방안을 권장하고 있다(대법원 2017. 1. 12 선고 2015다21554 판결).

더불어 학과 폐과를 위한 선행절차로서 학칙개정에 대해서는 고등교육법 시행령 제4조 제1항 제1호가 해답을 알려주고 있다. 해당 시행령은 ‘전공의 설치와 학생정원’, ‘학칙개정절차’를 반드시 학칙에 기재하도록 하고 있으며 고등교육법 시행령 제4조 제2항은 “법 제6조 제1항의 규정에 의해 학교의 장이 학칙을 제정 또는 개정하고자 하는 때에는 학칙이 정하는 바에 따라 제정안 또는 개정안의 사전공고·심의 및 공포의 절차를 거쳐야 한다”고 규정하고 있다. 따라서 학칙에 전임교원으로 구성된 교수회의에서 ‘학칙 및 제규정의 제정·변경에 관한 사항’등을 심의하도록 규정함에도 불구하고 관련 절차를 거치지 않은 학칙개정은 무효이며, 이에 따르지 않은 폐과도 무효가 된다.

학교 내 다른 과의 경우 2012~2013년도 2년 연속 등록률이 70% 미만임에도 2012년도 야간 등록률이 100%라는 이유로 폐과를 유예했지만 A씨가 소속된 학과만 유일하게 직권으로 폐과한 경우에 대해 형평성을 위반한 것으로 판단해 무효로 보았다(서울행정법원 2018구합75498). 반면 한편 사립학교의 이사회가 특정 학과를 폐지하기로 결의하면서 결의 당시 위 학과에 재학 중인 학생들의 졸업 시까지는 학과명을 유지하면서 재학생 과정을 그대로 진행하기로 했고 소속 교수들의 신분에도 변동이 없는 경우, 위 학과에 재학 중인 학생들과 재직 교수들은 학과 폐지에 관한 이사회결의의 무효 확인을 구할 법률상 이익을 가지지 않는다고 보고 있다. 무용학과 폐과로 인해 발생한 학생들이 대학 측을 상대로 손해배상소송을 제기한 사안에 대해 법원은 졸업할 때까지 학습권이 보장되므로 손해가 인정되지 않는다고 본 사례도 있다.