서울대가 연구중심 대학을 표방하며 대학원을 집중 육성하고 있지만 정작 대학원생 가운데 16%가 직장을 다니고 있는 것으로 드러났다. 또 서울대가 직업을 갖고 있는 대학원생 50여명에게 부당하게 BK(두뇌한국)21 지원금을 지급한 사실도 함께 밝혀졌다. 교육부와 감사원이 국회 교육위 소속 조부영 의원(자민련)에게 제출한 국정감사자료에 따르면 2002년 1학기 현재 직장인을 대상으로 한 전문대학원을 제외한 일반대학원 석사과정 재학생(6천52명)과 박사과정 재학생(2천6백39명) 총인원 8천6백91명중 16.2%인 1천4백11명이 학업과 생업을 병행하고 있다. 일반대학원 석사과정 재학생의 경우 13%인 7백60명이 별도의 직장을 갖고 있는 것으로 나타났다. 연세대와 고려대, 이화여대, 포항공대의 경우 주간으로 운영되는 일반대학원 석사과정에서 직업을 보유한 학생은 단 한명도 없었다. 자연과학계열 대학원은 석사과정 재학생 1천4백17명중 11%(1백58명)가 직장을 다니고 있고 인문사회계열 대학원은 석사과정 재학생 2천1백81명중 8%(1백72명)가 학업과 생업을 병행하고 있다. 현직 의사의 비율이 높은 의대 대학원에서는 직업보유학생의 비율이 65%에 달했다. 전체 재학생수가 2천6백39명인 대학원 박사과정의 경우 4명중 한명꼴인 25%(6백51명)가 직장을 다니고 있다. 자연과학계열 대학원은 박사과정 재학생 7백97명중 23%(1백85명), 인문사회계열 대학원 박사과정은 6백66명중 16%(1백4명), 공학계열 대학원은 6백95명중 4%(27명)이 직장인이다. 지난해 감사원은 서울대가 직장이 있는 대학원생에게 BK21 지원금을 줄수 없다는 지침에도 불구하고 화학분자공학사업단 소속 연구원에게 18개월동안 1천여만원을 지급하는 등 직장인 51명에게 1억1천여만원을 부당하게 지급한 사실을 밝혀내고 주의처분을 내렸다.
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